以前腹腔镜手术治疗胃肠道癌症仍然存在一定的争议，这些争议表现在：胃肠道癌症能否进行腹腔镜手术，哪些病人能够进行此项手术，如何进行这些操作。由于癌症本身的因素首先应该对病人的全身状况和肿瘤的情况进行评估，理论上能够进行传统根治手术的病人就可以进行腹腔镜手术，但是在目前一般的观点认为在进行腹腔镜手术病例选择时应该是非常慎重的，目前大多数医生认可的手术适应证包括：癌症的大小不超过T2期，未穿透浆膜层，没有远处转移，细胞分化程度中等以上。以上选择病例标准比较慎重的原因在于对基于这一项新技术上刚刚起步的治疗仍然应该是非常慎重的。但是，现在已经得到公认的腹腔镜可以进行根治性手术已经没有任何争议，并且这也代表了外科的发展方向。
肿瘤根治手术的原则同样适用于腹腔镜手术，如根治性原则、无瘤操作原则等。因为腹腔镜操作在一定程度上增加了手术的难度，因此这种手术对于医生本人的技术要求是很高的，医生在达到以下要求时才能够进行这种手术操作：必须施行过同类型的开腹手术，并且具有相当的经验；受过腹腔镜手术的专门训练，具有腹腔镜手术操作的基本技能；熟练掌握手术过程中各种器械的使用；适应电视腹腔镜监视屏幕的放大图形及精细的操作，有一定的腹腔镜手术操作经验，比如曾经进行过一定数量的胆囊切除手术，腹腔镜阑尾切除手术。这种手术操作的问题一般认为在淋巴结的清扫方面，但有众多的文献资料报告，两种手术方式在淋巴结的清除彻底性方面是没有区别的。
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